Il romanzo è ambientato ad Aci Trezza, in Sicilia, negli anni successivi all'unità d'Italia. Al centro delle vicende narrate è la famiglia Malavoglia: il padre Bastianazzo, la madre Maruzza la Longa, i figli 'Ntoni, Luca, Alessi, Mena, Lia.
Su tutti domina il nonno, Padron 'Ntoni, figura di patriarca, dispensatore di saggezza. 'Ntoni, l'unico dei nipoti che può aiutare nel governo della barca "Provvidenza", parte soldato. Padron 'Ntoni tenta una piccola speculazione su un carico di lupini: ma il mare, in una notte di tempesta, ingoia il carico assieme al figlio Bastianazzo ed a un garzone. I Malavoglia da padroni diventano poveracci: la barca è dissestata, inoltre devono pagare i lupini, presi a credito. 'Ntoni torna dal servizio militare: al suo posto parte Luca. La barca è di nuovo pronta all'uso, ma 'Ntoni non vuol saperne più di lavorare, di spaccarsi le ossa per nulla, e magari anche di fare la fine del padre. Mena ama Alfio Mosca, ma è promessa sposa ad un ricco del paese, Brasi Cipolla. Durante la festa di fidanzamento, arriva la notizia che Luca è morto a Lissa. Per pagare il debito dei lupini, i Malavoglia sono costretti a vendere la propria abitazione natia, la casa del nespolo. Mena, ora che è di nuovo povera, deve rinunciare al matrimonio, e anche 'Ntoni, perché la sua promessa, Barbara Zuppidda, gli volta le spalle.
Superate le difficoltà, la famiglia Malavoglia sembra riprendersi: ma 'Ntoni è stanco di quella vita, e non se ne va solo perché la madre lo prega di restare. Quando Maruzza muore di colera, non lo trattiene più niente al paese e parte. Torna dopo non molto, più avvilito e deluso di prima. Don Michele, il brigadiere, corteggia Lia e avverte lei e la sorella che 'Ntoni si sta mettendo nei guai. Il giovane infatti, coinvolto in un traffico di contrabbando, viene colto in fallo, e, tentando una difesa, ferisce Don Michele con una coltellata. al processo Padron 'Ntoni è colto da un malore quando scopre che Lia se la intendeva con Don Michele. 'Ntoni è condannato a cinque anni; Lia se ne va di casa per sempre. I Malavoglia sono rimasti in pochi. Alessi lavora per poter ricomprare la casa. Padron 'Ntoni, che si sta spegnendo a poco a poco, vuole essere portato all'ospedale per non gravare sui nipoti: parte sul carro di Alfio Mosca. Questi vuole sposare Mena, che rifiuta; ormai è vecchia, si occuperà dei figli di Alessi e di sua moglie Nunziata. La casa del nespolo è finalmente riscattata, ma è troppo tardi per Padron 'Ntoni, che muore lontano. Una sera 'Ntoni, uscito di prigione, bussa alla porta per chiedere perdono. ma non può fermarsi, dopo che ha infangato l'onore della famiglia. Se ne va, e nessuno lo trattiene.
I Malavoglia sono al centro del romanzo, ma ai lati si trova il popolo, che è comunque da considerare, che fa parte di Aci Trezza e del suo modo di vivere, della sua mentalità, dei suoi ideali. Come ideali, ad esempio, troviamo l'attaccamento alla roba, cioè i beni materiali che la famiglia deve possedere per poter vivere dignitosamente, e che all'inizio i Malavoglia avevano, quel tanto che basta per vivere. Poi l'hanno perduta con quel carico di lupini, frutto di una speculazione attuata da Padron 'Ntoni, che, così facendo, ha avviato la disgrazia della famiglia. In questo frangente il vecchio patriarca è andato contro alle sue idee, di non tentare mai la fortuna, di sopportare passivamente, e di "fare solo il mestiere che sai" (era molto attaccato ai proverbi), e per questo ha pagato caro.
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