Numerose sono le tematiche del romanzo: spicca, in primo piano, il tema del rapporto fra libertà e condizionamento, in cui si innestano i motivi dell'amore, della prevaricazione, della paura, che concorrono a sviluppare quello unificante del matrimonio mancato. La libertà è il valore su cui si incardina la morale cristiana, ma viene cancellata da disvalori, primo fra tutti il conformismo (come quello di don Abbondio e di Gertrude, per i quali si parla giustamente di "cadute senza riscatto", e soprattutto di donna Prassede, alla quale Manzoni riserva alla fine una stoccata cattiva: "Di donna Prassede, detto che è morta, è detto tutto").
Importante è anche il tema del contrasto fra ideale e reale, ossia fra come dovrebbe essere la società e come, invece, di fatto è. Ecco, allora, comparire i motivi del privilegio che tocca solo a una piccola categoria di persone, dell'ingiustizia che colpisce tutti coloro che patiscono l'oppressione dei privilegi altrui, della violenza nell'ambito sociale, politico e anche familiare, della mancanza di moralità che nasce dal mancato rispetto delle più elementari norme evangeliche.
A questo punto il pessimismo di Manzoni, insieme a un certo senso latente e sommesso di condanna si allenta nel tono bonario dell'ironia, soprattutto nei punti in cui smaschera le piccole astuzie degli umili (che non sortiscono effetto, come il matrimonio a sorpresa) oppure si colora di amarezza quando denuncia le ipocrisie dei politici come il conte zio o Ferrer e diviene denuncia aspra quando constata come anche i valori più sacri, quali la paternità, siano inquinati dall'orgoglio, che porta alla menzogna, alla coercizione (si pensi al padre di Gertrude), allo stravolgimento dei valori della famiglia e della società.
Il tema più significativo, però, quello su cui poggia il messaggio manzoniano, si riferisce alla visione religiosa della vita, in cui domina il leit-motiv del romanzo, ossia l'opera della Provvidenza di Dio nella storia e nelle umane vicende. Il pessimismo manzoniano emerge nella constatazione della presenza del male, dell'irrazionalità dell'agire umano, della forza dirompente degli egoismi in contrasto. Pure la Grazia di Dio non abbandona gli uomini che lo cercano e confidano in Lui. Per chi ha fede nella Provvidenza il succedersi dei fatti acquista un senso, una logica. Naturalmente Dio non è colui che punisce i malvagi e premia i buoni, come un giustiziere. Il Suo giudizio e la Sua opera riescono per la maggior parte delle volte insondabili agli uomini che devono accettare i fatti con umiltà e fiducia.
Sbaglia don Abbondio quando, esultante, definisce la Provvidenza come una "scopa" (cap. XXXVIII) che finalmente ha fatto piazza pulita di don Rodrigo e dei suoi scagnozzi. È più corretta la riflessione di padre Cristoforo che, di fronte a don Rodrigo agonizzante e sofferente al lazzaretto, afferma: "Può essere gastigo, può essere misericordia" (cap. XXXV). La peste, infatti, non deve essere semplicisticamente ridotta a una punizione dei malvagi e la morte di don Rodrigo, tra gli spasimi della malattia, può essere intesa come l'ultima possibilità offerta a lui dalla Misericordia divina perché si ravveda e salvi la sua anima.
In questo senso, anche se termina con la celebrazione delle nozze, il romanzo di Manzoni non presenta l'idilliaco "lieto fine" dei romanzi storici tradizionali. Infatti, a ben vedere, la conclusione della storia si pone al capitolo XXXVI, quando padre Cristoforo scioglie Lucia dal voto che ha fatto la notte trascorsa nel castello dell'innominato, secondo il quale rinuncia alle nozze. In tal modo la ragazza può seguire la voce del cuore e anche Renzo vede finalmente rimosso l'ultimo ostacolo. I due si congedano da padre Cristoforo, commossi dalle sue ultime parole, che suonano alle loro orecchie come un testamento spirituale e che invitano a perdonare "sempre, sempre! tutto, tutto!".
Gli ultimi due capitoli, con i preparativi del matrimonio, la celebrazione e la sintetica narrazione degli anni di vita coniugale, sono un completamento della storia: il momento essenziale, invece, è rappresentato dal ritrovarsi dei due giovani con sentimenti immutati e una capacità rafforzata di accettare la volontà di Dio nella loro vita.
Il "lieto fine" dei Promessi Sposi, semmai, non consiste nel rito delle nozze, ma in quella sorta del "decalogo" con cui Renzo, ormai marito, padre e imprenditore di successo (ha impiantato, come abbiamo detto, un redditizio filatoio a Bergamo) attua un bilancio di quei due anni travagliati e avventurosi. Constata che si è fatto una dura esperienza di vita che lo mette in grado di dare buoni consigli ai figli, quando cresceranno. Invece Lucia osserva che, per quanto la riguarda, non si è mai messa nei guai, ma "son loro che son venuti a cercar me". Allora, insieme, gli sposi giungono alla conclusione che, di fronte alle tribolazioni, bisogna confidare in Dio e sperare che le sofferenze migliorino la vita. È un finale senza idillio, come osservano i critici, ma coerente con la tensione religiosa che percorre tutta la narrazione.
Il tema religioso, insieme con la scelta di porre gli umili ("genti meccaniche e di piccolo affare", li definisce l'Anonimo) a protagonisti della storia, rappresenta sicuramente l'elemento di grande novità del romanzo. Non solo balzano alla ribalta due contadini, ma anche le figure importanti (un arcivescovo, un potente feudatario, politici ed esponenti delle gerarchie ecclesiastiche, un avvocato, un podestà, un nobilotto con parenti importanti) sono valutati sulla base della posizione che assumono nei confronti di quelli. Infine flagelli e pubbliche calamità (come peste, rivolte, guerra e carestia), assumono rilievo perché creano il contesto in cui si pongono le avventure dei protagonisti.
È una scelta rivoluzionaria e un coraggioso rovesciamento di valori letterari, che il Manzoni attua, convinto e sorretto dal messaggio evangelico. Questo, d'altra parte, appare diluito tra le pagine come il tessuto connettivo della narrazione; affiora spesso ma con discrezione e a volte si incarna in personaggi "minori" di notevole interesse. Valga, tra tutti, quella modesta ma splendida figura che è il servitore di don Rodrigo: compare nel V capitolo ad accogliere padre Cristoforo in visita al palazzotto di don Rodrigo. L'aiuto che egli dà al frate è fondamentale anche per lo svolgimento della storia, perché lo informa del progetto di rapire Lucia, in seguito al quale il cappuccino organizza la fuga dei giovani dal paese e innesca il meccanismo che dà luogo alle vicende della seconda sezione. Non a caso padre Cristoforo lo definisce "un filo" della Provvidenza.
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