Comte si rivolge alla Scienza nella quale vede la rigenerazione dell'uomo e la realizzazione del mondo. Elabora la legge dei tre stati che è considerata il punto di partenza della sua riflessione filosofica.
Osservando lo sviluppo organico dell'uomo, rileva che la conoscenza passa attraverso tra stati teorici diversi l'uno dall'altro.
Il primo è lo stato teologico o fittizio. Lo spirito umano orienta le proprie ricerche verso la natura degli esseri, la causa prima e quella finale; rappresenta a sé i fenomeni come risultati dell'azione diretta di agenti soprannaturali che intervengono in modo arbitrario.
Il secondo è quello metafisico o astratto. È una parziale modifica del primo nel senso che, al posto degli agenti soprannaturali, intervengono forze astratte personificate che operano secondo ambiti specifici.
Il terzo è lo stato positivo. Lo spirito umano non cerca più nozioni assolute, le cause prime dei fenomeni; si preoccupa di scoprire, attraverso il ragionamento e l'osservazione, le leggi effettive dei fenomeni e le loro relazioni.
Le conseguenze sono importanti perché Comte, volendo portare a compimento l'opera di Bacone, di Galilei e di Cartesio, costruisce il sistema delle idee generali che presuppone a sua volta l'enciclopedia delle scienze in base alla classificazione che vede in primo luogo il grado di semplicità o di generalità dei fenomeni.