Il mondo cattolico era consapevole della necessità di una riforma ecclesiastica già prima dell'inizio della polemica sulle tesi di Lutero. Tuttavia questa istanza non riusciva a trovare uno sbocco, cosicché agli spiriti più religiosi non restava altro che darsi alla devozione personale.
Con l'apertura del «caso Lutero» l'occasione appariva opportuna per smuovere il corpo della Chiesa. Quando Lutero, però, venne condannato sia dal Papa sia dall'imperatore, la possibilità di una conciliazione fra cattolici e riformatori non venne del tutto messa da parte, anche in considerazione della loro matrice spesse volte comune.
Dopo la morte di Clemente VII nel 1534, il Conclave elesse il nuovo Pontefice nella persona di Alessandro Farnese che assunse il nome di Paolo III. Egli due anni più tardi annunciò la prossima apertura del Concilio; inoltre inserì fra le nomine cardinalizie le persone più significative che formavano il partito rinnovatore della Chiesa. La prospettiva di un concilio ecumenico faceva sperare nella possibilità di una conciliazione fra mondo cattolico e mondo riformatore. Tuttavia Paolo III rimandò ancora per ben 6 volte il Concilio, probabilmente per la paura che esso potesse sfuggirgli di mano.
Il Concilio ebbe effettivamente luogo nel 1542, ma il mondo cattolico, nell'attesa era stato frenetico nella sua volontà di rinnovamento. È di questo periodo la nascita di nuovi ordini religiosi; ricordiamo fra essi i TEATINI di Gian Pietro Carafa, futuro cardinale di Paolo III, la COMPAGNIA DI GESU' fondata dallo spagnolo Ignazio da Loyola, i CAPPUCCINI nati nel 1524 come nuovo ramo della grande famiglia francescana.
Nel 1542 Paolo III rilanciò la lotta all'eresia in una forma repressiva, riorganizzando la Congregazione del Sant'Uffizio, da cui dipendeva il tribunale dell'Inquisizione, rendendo sempre più improbabile la possibilità di una conciliazione con i protestanti. Il 29 giugno di quello stesso anno fu convocato il Concilio che si tenne a Trento, nel territorio, cioè, di un vescovado dell'impero e non a Roma, come avrebbe voluto il Papa. Il Concilio prese subito la via dell'intransigenza dogmatica. Nel 1547 Paolo III decise di trasferire le sedute a Bologna, all'interno cioè dei confini del suo Stato. Carlo V però non accettò questa mossa e fece in modo che il Concilio risultasse «paralizzato» fino al 1551. In questa data Paolo III era morto ed il nuovo Papa Giulio III accettò di riaprire il Concilio a Trento, invitando stavolta anche qualche rappresentante dei protestanti. Seguirono altre 3 fasi, al termine delle quali risultava ormai chiara l'inutilità di trovare uno sbocco conciliatore ai due mondi cattolico e riformatore.
Carlo V morì aprendo la strada all'avvento dell'offensiva della Chiesa, capeggiata ormai da Carafa, il restauratore dell'Inquisizione, diventato nel frattempo papa col nome di Paolo IV.
Nel 1564 il Papa Pio IV pubblicò e sanzionò le conclusioni che il concilio aveva raggiunto nelle sue 25 sessioni. Nel 1564 venne pubblicato un Indice dei libri proibiti; si concluse così il percorso del Concilio di Trento che, cominciato nel 1542, vide la sua conclusione nel 1563 affermando nell'Europa cattolica lo spirito della controriforma, con il suo spirito fortemente dogmatico, intransigente e avverso all'eresia.
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