Dopo la Dieta di Spira (nella quale i principi luterani avevano pronunciato la famosa PROTESTATIO, onde il nome di protestanti) fu convocata una nuova dieta ad Augusta, ma una conciliazione fra cattolici e protestati era impossibile: Carlo V ordinò ai principi luterani di abbandonare le loro dottrine e costoro risposero con la Lega di Smalcalda dandosi un'organizzazione ed una forza difensiva che lasciava nelle loro mani le sorti del protestantesimo.
Il conflitto tra Spagna e Francia sino a questo momento volse a favore di Carlo V, che aveva fatto prigioniero il re di Francia, Francesco I. Nel 1526 Carlo V gli restituì la libertà; l'imperatore aveva stravinto e questo era da molti guardato con preoccupazione. Nacque così una lega anti-asburgica: a Cognac accanto a Francesco I si unirono tutti i principi italiani: cioè il Papa Clemente VII, Firenze, Venezia, Milano e Genova contro Carlo V. Per tutta risposta l'imperatore inviò un esercito di 18.000 Lanzichenecchi contro Roma: la città fu saccheggiata. Alla notizia del sacco di Roma, Firenze si ribellò, cacciò i Medici e restaurò la Repubblica: siamo nel 1527. La guerra fu così decisa: Carlo V e Francesco I firmarono la pace di Cambrai che sanciva il dominio asburgico in Italia. Anche a Firenze Carlo V rovesciò la Repubblica e restaurò i Medici.
Dopo questa pace a Carlo V rimanevano 3 avversari:
– i Turchi, contro i quali l'imperatore si era alleato con la Persia;
– la Francia, con cui entrò nuovamente in guerra per la successione del Ducato di Milano (tale guerra si concluse con la pace di Crepy);
– i protestanti, la cui lega di Smalcalda fu sconfitta dopo il tentativo di conciliazione con i cattolici.
Al culmine della potenza di Carlo V, un'altra alleanza dei principi protestanti col nuovo re di Francia, Enrico II, lo condusse ad abdicare nel 1555 e nel 1556 a favore del figlio Filippo II e del fratello Ferdinando.
Gli immensi territori dell'Impero furono così divisi: a Ferdinando, che era già re di Boemia e d'Ungheria grazie ad alleanze matrimoniali, toccarono le terre asburgiche e la certezza della corona imperiale ; al figlio Filippo, oltre la Spagna ed i domini americani, i Paesi Bassi ed i domini italiani (Milano, Napoli e Sicilia).
Nel 1555 fu firmata anche la pace di Augusta con i principi protestanti, che riconobbe a costoro libertà religiosa, tranne l'obbligo per i sudditi di professare la fede del principe.
Nel 1559 fu firmata la pace di Cateau-Cambrésis con la Francia.
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